Nach dem Sempacherkrieg 1386 fällt das heutige Gemeindegebiet, welches Teil der Landvogtei Rothenburg ist, von den Habsburgern an die Stadt Luzern. Von 1386 – 1798 sind die Emmer Untertan des Stadtstaats Luzern. Seit dem Ende des ausgehenden Mittelalters bekommt Emmen aufgrund seiner geografischen Lage die Umsetzung obrigkeitlicher Interessenpolitik zu spüren. Mit diesem Umstand wollen sich viele Bewohner der Gemeinde nicht anfreunden; so kommt es mehrmals zu Rebellionen gegen die Luzerner Obrigkeit mit Emmer Beteiligung. Die beiden wichtigsten sind der Rothenburger Aufstand 1570 und der Bauernkrieg 1653.

1798 bricht in der Schweiz die patrizische Ordnung im Zuge der militärischen Intervention Frankreichs zusammen. Die neue Regierungsverordnung der Helvetik (1798 – 1803) teilt das Kantonsgebiet in Munizipalitäten (Gemeinden) und Distrikte ein. Das heutige Gemeindegebiet wird auf die Distrikte Sempach, Hochdorf und Luzern aufgeteilt. In der Zeit der Mediation (ab 1803) wird der Stand Luzern einer von sechs Direktorialkantonen und erhält seine heutige Gestalt mit fünf Ämtern. Auch die Gemeinden wurden administrativ neu geordnet. Emmen wird aus den aufgelösten Munizipalitäten Emmen, Teilen Rotterswils und Rothenburgs zusammengesetzt. Die Gemeinde erhält folglich im Jahr 1803 jene geografische Gestalt, die bis heute praktisch unverändert geblieben ist.