Die radikalen wirtschaftlichen Umwälzungen der 90er-Jahre - Deindustrialisierung und Fusionen – entziehen der Gemeinde den ökonomischen Rückhalt und rütteln am Selbstverständnis. Viele der ortsansässigen Betriebe sehen sich gezwungen, Arbeitsplätze abzubauen. Arbeiter und Angestellte, die jahrelang in der Gemeinde lebten, ziehen weg. Der frei gewordene günstige Wohnraum wird durch Neuzuzüger besetzt, die keine Verbindung zu Emmen haben und oftmals aus dem Ausland stammen. Die Angst um Arbeitsplätze und die zunehmende Präsenz von Ausländerinnen und Ausländern führt zu Verunsicherung in der Bevölkerung. Mit der Annahme einer Einbürgerungsinitiative der Schweizer Demokraten (SD) gelangt Emmen 1999 in die nationalen Schlagzeilen. Emmen ist die erste schweizerische Gemeinde mit lokalem Parlament, welche die Einbürgerung an der Urne einführt.

2003 wird der Einbürgerungspraxis der Gemeinde durch einen Entscheid des Bundesgerichts ein abruptes Ende gesetzt. Seit 2006 befindet eine vom Volk gewählte und breit akzeptierte Bürgerrechtskommission über Einbürgerungsgesuche.